L'article 189 de la loi de finances pour 2025 a transformé les règles d'indemnisation des arrêts maladie dans la fonction publique. Depuis le 1er mars 2025, les fonctionnaires ne perçoivent plus 100 % de leur traitement pendant leurs trois premiers mois de congé maladie ordinaire. Le taux est passé à 90 %. Cette réforme touche plusieurs millions d'agents publics dans les trois versants de la fonction publique.
En bref
- Depuis le 1er mars 2025, la rémunération en congé maladie ordinaire passe de 100 % à 90 % pendant les trois premiers mois
- La mesure s'applique aux fonctionnaires titulaires, stagiaires et aux agents contractuels de droit public
- Le jour de carence (premier jour non payé) reste en vigueur
- Les congés de longue maladie (CLM) et de longue durée (CLD) ne sont pas concernés
- Aucune collectivité ne peut voter une délibération pour maintenir 100 %
- Exception : les policiers municipaux, gardes champêtres et sapeurs-pompiers professionnels conservent leur régime indemnitaire intégral
Ce que dit l'article 189 de la loi de finances pour 2025
Le passage de 100 % à 90 % : le changement principal
Avant la réforme, un fonctionnaire en congé maladie ordinaire percevait 100 % de son traitement indiciaire brut pendant les trois premiers mois. Dès le quatrième mois, il passait à 50 % (le demi-traitement).
Depuis le 1er mars 2025, le nouveau barème est le suivant :
| Période | Taux avant réforme | Taux après réforme |
|---|---|---|
| 3 premiers mois | 100 % | 90 % |
| 4e au 12e mois | 50 % | 50 % (inchangé) |
La réduction touche le traitement indiciaire brut, mais aussi les primes et indemnités calculées sur sa base : le régime indemnitaire (IFSE), la nouvelle bonification indiciaire (NBI) et le complément de traitement indiciaire (CTI).
La date d'entrée en vigueur : 1er mars 2025
La mesure s'applique à tous les congés maladie ordinaires accordés à compter du 1er mars 2025. Un arrêt commencé avant cette date et prolongé après n'est pas recalculé. Seuls les nouveaux congés ouverts à partir de cette date tombent sous le nouveau régime.
Le Décret n° 2025-197 du 27 février 2025 a étendu la même règle aux agents contractuels de droit public, avec la même date d'entrée en vigueur.
Qui est concerné par cette réforme ?
Fonctionnaires titulaires et stagiaires
Tous les fonctionnaires, quel que soit leur versant (État, territorial, hospitalier), sont concernés. Le statut de titulaire ou de stagiaire ne change rien à l'application de la mesure. Le temps de travail non plus : un agent à temps partiel voit sa rémunération réduite dans les mêmes proportions.
Agents contractuels de droit public (décret 2025-197)
Les agents contractuels percevaient jusqu'alors 100 % de leur rémunération pendant les trois premiers mois de maladie. Le Décret 2025-197 les aligne sur les fonctionnaires : 90 % à partir du 1er mars 2025 pour tout nouveau congé maladie ordinaire.
Les exceptions : policiers municipaux, gardes champêtres, sapeurs-pompiers
Une note de la DGCL du 25 juin 2025 a précisé une exception importante. Le principe de parité avec les agents de l'État — qui interdit aux collectivités de maintenir un régime plus favorable — ne s'applique pas aux cadres d'emplois suivants :
- Policiers municipaux
- Gardes champêtres
- Sapeurs-pompiers professionnels
Ces agents peuvent donc continuer à bénéficier du maintien intégral de leur régime indemnitaire pendant leur arrêt maladie, si la collectivité en décide ainsi.
Les trois types de congés maladie dans la fonction publique
Le congé maladie ordinaire (CMO) — le seul touché
Le CMO couvre toute maladie ne relevant pas d'une affection grave. Sa durée maximale est de 12 mois consécutifs ou non sur une période de 12 mois. C'est le seul type de congé maladie impacté par la réforme de 2025.
Ses caractéristiques en 2026 :
- 3 premiers mois : 90 % du traitement (au lieu de 100 %)
- 4e au 12e mois : 50 % du traitement (demi-traitement, inchangé)
- Jour de carence : le premier jour n'est pas rémunéré
- Délai de transmission : l'agent doit envoyer son arrêt à l'administration dans les 48 heures suivant la prescription
Le congé de longue maladie (CLM) — inchangé
Le CLM s'adresse aux fonctionnaires atteints d'affections figurant sur une liste réglementaire (maladies graves nécessitant un traitement prolongé). Il n'est pas modifié par la réforme de 2025.
Ses caractéristiques :
- Durée maximale : 3 ans
- 1re année : traitement plein (100 %)
- 2e et 3e années : demi-traitement (50 %)
- Procédure : instruction par le comité médical départemental
Le congé de longue durée (CLD) — inchangé
Le CLD concerne cinq affections spécifiques : tuberculose, maladie mentale, affection cancéreuse, poliomyélite, déficit immunitaire grave. Lui non plus n'est pas touché par la réforme.
Ses caractéristiques :
- Durée maximale : 5 ans
- 3 premières années : traitement plein (100 %)
- 4e et 5e années : demi-traitement (50 %)
- Procédure : instruction par le comité médical départemental
Quel impact financier pour les agents ?
Simulation pour un agent de catégorie C
Un agent de catégorie C avec un traitement mensuel brut de 1 800 € voit sa perte mensuelle atteindre 180 € pendant ses trois premiers mois d'arrêt. Sur 20 jours d'arrêt, la perte dépasse 200 € quand on ajoute le jour de carence non payé.
Les agents de catégorie C sont les plus exposés. Ils représentent les trois quarts des effectifs de la FPT. Leur salaire étant plus proche du SMIC, une perte de 10 % pèse proportionnellement davantage que pour un cadre de catégorie A.
Cumul avec le jour de carence
Le jour de carence reste applicable sur le premier jour de tout congé maladie ordinaire. Il s'ajoute à la baisse des 10 %. Un fonctionnaire qui commence un arrêt ne perçoit donc :
- Jour 1 : 0 % (carence)
- Jours 2 à 90 (environ) : 90 % du traitement
- Jours 91 à 365 : 50 % du traitement
Contrairement au secteur privé, aucune prévoyance collective obligatoire ne vient compenser ces pertes dans la fonction publique. La couverture dépend des contrats individuels souscrits par l'agent.
Ce que les collectivités ne peuvent pas faire
Principe de parité : pas de délibération possible
Certaines collectivités ont envisagé de voter une délibération pour maintenir l'indemnisation à 100 %. Le gouvernement a demandé aux préfets d'en informer toutes les collectivités : cette démarche n'est pas juridiquement possible.
Le principe de parité interdit aux collectivités territoriales d'accorder à leurs agents des avantages supérieurs à ceux des agents de l'État. Or l'État applique le taux de 90 %. Les collectivités sont donc tenues de faire de même.
Les primes et indemnités aussi sont réduites
La réduction ne porte pas uniquement sur le traitement indiciaire. Elle entraîne mécaniquement une réduction des éléments indemnitaires calculés dans les mêmes proportions :
- Le régime indemnitaire (IFSE notamment)
- La nouvelle bonification indiciaire (NBI)
- Le complément de traitement indiciaire (CTI)
Seules les exceptions prévues par la note DGCL du 25 juin 2025 permettent à certains employeurs de maintenir le régime indemnitaire intégral pour les policiers municipaux, gardes champêtres et sapeurs-pompiers.
Le reste du régime des arrêts maladie en 2026
Le jour de carence
Le jour de carence a été introduit par la loi de finances pour 2018 (article 115). Il s'applique au premier jour de tout congé maladie ordinaire depuis le 1er janvier 2018. La loi de finances pour 2024 l'a étendu aux rechutes : si un agent reprend le travail et tombe à nouveau malade moins de 48 heures après sa reprise, le nouvel arrêt est traité comme une prolongation et n'ouvre pas droit à un nouveau jour de carence.
Les obligations de l'agent pendant un arrêt
Pendant un congé maladie ordinaire, l'agent a plusieurs obligations :
- Transmettre l'arrêt à l'administration dans les 48 heures suivant la prescription médicale
- Indiquer son adresse de présence si elle diffère de son domicile habituel
- Rester disponible aux heures de présence obligatoire au domicile : 9h-11h et 14h-16h, sauf autorisation médicale de sortie
En cas de non-respect, l'administration peut interrompre le maintien de traitement pour les jours concernés. Elle peut aussi déclencher une contre-visite médicale dans un délai de 5 jours ouvrés suivant la réception de l'arrêt.
Questions fréquentes
La réforme de 2025 s'applique-t-elle à tous les types de congés maladie ? Non. Seul le congé maladie ordinaire (CMO) est concerné. Le CLM, le CLD et le CITIS (congé pour invalidité temporaire imputable au service) ne sont pas impactés par la réduction à 90 %.
Un fonctionnaire peut-il compenser la perte avec une mutuelle ou une prévoyance ? Oui, à titre individuel. Il n'existe pas de dispositif de prévoyance collectif obligatoire dans la fonction publique équivalent à celui du secteur privé. Certains employeurs publics proposent une participation au contrat de prévoyance, mais ce n'est pas généralisé.
La réforme s'applique-t-elle aux arrêts en cours au 1er mars 2025 ? Non. Seuls les congés de maladie ordinaire accordés à compter du 1er mars 2025 sont soumis au nouveau taux de 90 %. Un arrêt commencé avant cette date reste indemnisé à 100 % jusqu'à son terme ou son renouvellement.
Qu'est-ce que le CITIS et est-il concerné par la réforme ? Le CITIS est le congé pour invalidité temporaire imputable au service. Il s'applique lorsqu'un accident ou une maladie est directement lié à l'exercice des fonctions. Ce régime maintient 100 % du traitement sans limitation de durée et sans jour de carence. Il n'est pas concerné par la réforme de 2025.